Знакомлюсь с форматом json. Эмулирую ситуацию. Вместо бд файлик с json. Сейчас у меня каждая функция для работы с данными всегда на входе начинается с json_decode а ретурн json_encode это норм? Данные то по любому приходится туда сюда конвертировать. просто думаю может есть какой другой подход?
В PHP вы можете конвертировать JSON в массив или объект только по средствам json_decode. А конвертировать из PHP в JSON только через json_encode.
В чём конкретно ваши опасения?
Да, это абсолютно нормально. JSON для того и придумали - для передачи информации.
Если данные ориентированы на PHP рекомендую использовать serialize() вместо json_encode(). Там небольшые бонусы есть в плане работы с обьектами, которые теряются при использовании json_encode().