Если ты меня считаешь то вероятно ищешь ответ на тот же вопрос, что и топик стартер, я нашел решение, не идеальное, но оно работает, почему не идеальное объясню в конце.
Код в PHP:
Settings::setDefaultFontName('DejaVu Sans');
Settings::setPdfRendererName(Settings::PDF_RENDERER_DOMPDF);
Settings::setPdfRendererPath('.');
Settings::setOutputEscapingEnabled(false);
$phpWord = IOFactory::load($wordFilePath);
$phpWord->save($savePdfPath, 'PDF');
Далее нужно в самом вордовском файле чтобы шрифт был DejaVu Sans, в ворде есть такой шрифт, в моем случае я делаю вордовские файлы из вордовских шаблнов и я там просто общий шрифт сделал DejaVu Sans и тогда русский язык отображается в pdf нормально, из-за этого собственно решение и не идеальное. У меня не получилось сделать тоже самое с Times New Roman. В Ubuntu где я работал, не было в начале установленного шрифта Times New Roman, я его установил, но это не помогло.