Прямые SQL запросы в Битриксе - плохо. Они противоречат идее архитектуры.
В 99% случаев вы можете справится при помощи API Битрикса.
В вашем случае есть несколько решений:
1. Если магазинов не много (не сотни тысяч), то используйте Инфоблоки(ИБ):
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/i...
В этому случае, вы руками создаете инфоблок "Магазины" и прогоняете ваш CSV файл через админку Контент->Инфоблоки->Импорт->CSV
2. Если ИБ по какой-то причине вас не устраивают, Воспользуйтесь HighLoad-блоками(HL). Это более низкоуровневый инструмент. Каждый HL-блок создает таблицу в БД.
Но в этом случае вам придется самостоятельно написать скрипт, который разберет ваш CSV и запишет это в HL-блоки
https://dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/119...
3. Если хочется максимально низкого уровня, то используйте функционал ядра D7 и собственные ORM-сущности.
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php...