конечно, ведь репозиторий должен знать как составить скл (или какие параметры передать в орм чтоб она сгенерировала нужный запрос).
можно пойти и от противоположного - если репозиторий ничего не знает про пагинацию/фильтрацию то вам нужно будет каждый раз доставать все данные с базы чтоб потом выбрать только те что нужно отображать. выглядит максимально мерзко, правда?)