Вам необходимо проверять подпись сертификата на клиенте (тот кто отправляет запрос). Это делается с помощью той библиотеки, с помощью которой вы посылаете запрос на сервер. Для
request.
Если вы используете авторизацию по сертификатам, тогда смотрите документацию: стандартную для проверки пользователя и, возможно, специфическую для SSL.
И при чем тут Flask не сильно понятно, в нем вроде нет модуля HTTP запросов.