Ты описал дефолтное поведение открывашки модального окна на Bootstrap. Там задается overflow: hidden;
для body в момент открытия окна, чтобы предотвратить прокрутку контента одновременно с прокруткой модального окна.
Соответственно, что-о мне подсказывает, что ты используешь бут или другой фреймворк, который так делает, ибо новички до такой фичи редко догадываются.
А если ты уже выстрелил себе в ногу сам, без всяких бутов, то смотри, кто именно вешает этот overflow, ты сам или скрипт какой-нибудь модалки, что ты встроил в проект.
ЗЫ: при открытии модального окна это наиболее правильное поведение страницы, можно разве что, если тебя это сильно смущает задать поведение элементам страницы по transition свойству (не рекомендую).