Вы путаете немного предназначение webapi. Его используют для внешних приложений (не обязательно spa, это может и десктоп быть и мобильное). Для mvc это не нужно, ведь вам придется ещё писать и рендеринг dom, так проще сразу spa писать. Конечно же можно в одном проекте и mvc и webapi сделать. Просто добавляете контроллер и все.