Если я правильно вас понял, то вы хотите, чтобы сервер сообщал клиенту о произошедших изменениях. Если так, то к Backbone это имеет слабое отношение, смотрите
возможные варианты. А дальше все зависит от вашей фантазии, хотите делайте атомарную синхронизацию, хотите гоняйте туда-сюда всю коллекцию целиком и обновляйте через refresh.
А вообще вопрос несколько сумбурен.