Даже на благотворительной основе я бы написал подобное решение на фреймворке, а не на WP, но раз вы решили выбрать эту CMS, то надо будет искать решения под ВП.
Лучше вместо использования рубрик и записей, создайте кастомный тип записи и таксономии.
Также можете воспользоваться плагином ACF. Он будет полезен для вас при создании сайта.
1. Город - это рубрика
у каждого города аптеки - как подрубрики
Создайте 2 таксономии - Города и Аптеки
2. лекарства и т д - это посты которые либо принадлежать той или иной подрубрике или нет.
Лекарства - кастомный вид записи и содержат кастомные поля (плагин ACF).
1. может другую структуру посоветуете, дабы упростить дальнейший залив остатков?
Зависит от того, в каком виде вы будете получать остатки.
Если например, это будет xlsx || csv таблица, то можно импортировать и обновлять остатки при помощи WP All Import. Можно также создать CRON задачу для автоматического обновления данных по таблице. Можно например, средствами рнр или другого ЯП разобрать таблицу и по REST API WP импортировать данные и также создать CRON задачу.
Глянули в сторону вукомерца, может быть есть плагины со множеством складов?
Multi vendor marketplace не подойдет вам в качестве дополнения к плагину Woocommerce?
https://wordpress.org/plugins/wc-multivendor-marke...
Или же вы можете сами создать таксономию и прикрепить ее к товарам вукомерца.
Сложный
