3. В nginx указывается root директория и индексный файл хоста. Возможно ли не создавать для каждого домена отдельную директорию/файл физически?
Да, возможно
Можно создать black-hole хост и резолвить нужные домены на бэкенде.
Выглядит это примерно так:
- Получаем запрос
- Проксируем какому-нибудь php-fpm или что у вас там
- Определяем домен по которому пришёл запрос
- Отображаем контент