Для начала, вы уже умеете удалять вотермарки без бота? Руками?
На какой машине будет выполняться удаление? Куда будет закачиваться? Кто будет платить за электричество?
Идея проста и состоит из четырёх этапов:
1. Бот получает видео от пользователя.
2. На сервере обрабатывается очередь видео.
3. Из видео удаляются вотермарки.
4. Видео отправляется обратно.
Этапы 1,2и 4 легко гуглятся. Этап 3 - вот тут надо попотеть. Кто и как будет удалять?