Надо в php выполнить скрипты bash от root. вариант дать права пользователю www-data не рекомендуют (подскажите тоже почему) , как бы вы осуществили выполнение таких скриптов?
п.с. связка через cron ,не походит. нужен онлайн вывод результатов скрипта
Один процесс (worker) всегда висит в памяти и запущен из-под пользователя с нужными правами.
Другой скрипт - даёт задание на исполнение через unix socket и в него же получает вывод во время исполнения, который может перенаправлять сразу в браузер.
При необходимости - можно создать очередь и "вести почтовый диалог" через БД между этими двумя скриптами.