Напротив, в случае SPA лучше как раз применять css modules, css-in-js и прочие подобные решения. БЭМ будет выглядеть, как сова на глобусе просто потому, что вы не сможете сделать более-менее сложную структуру блоков, элементов и модификаторов, не размазав один и тот же блок по нескольким компонентам (которые будут элементами).
Вместо этого, когда каждый компонент отвечает только сам за себя, вы всегда будете знать, что стили, влияющие на этот компонент, находятся в нем самом же.