ты НЕ перехватил событие субмит, а просто отловил нажатие на кнопку
document.querySelector('form').addEventListener('submit', function(e){
// по умолчанию форма отсылается, но мы хотим ее сначала проверить
e.preventDefault();
if (textone.value == "" || isNaN(textone.value) || texttwo.value == "" || isNaN(texttwo.value)) {
textone.classList.remove("inputone");
texttwo.classList.remove("inputtwo");
textone.classList.add("inputored");
texttwo.classList.add("inputored");
// не ок
return false;
} else {
// вроде ок
}
})