Вы делаете группировку по users.name
Для правильной работы запроса необходимо, чтобы все остальные поля были в агрегатных функциях.
Фактически, запрос сейчас выглядит так:
SELECT ANY_VALUE(user_dolg.user_id), ANY_VALUE(users.users_id), users.name,
ANY_VALUE(user_dolg.date), ANY_VALUE(user_dolg.dogovor_name), COUNT(*) AS cnt
FROM users
INNER JOIN user_dolg ON user_dolg.user_id = users.users_id
WHERE `date` BETWEEN '2019-02-01' AND '2019-02-28' AND komandi='командировка'
GROUP BY users.name;
Так что непонятно, откуда вы взяли, что "выборка идет как положено включая все даты февраля"