Нужно использовать SnowballAnalyzer. Простой пример индексирования:
Analyzer analyzer = new SnowballAnalyzer(Version.LUCENE_34, "Russian", StopAnalyzer.ENGLISH_STOP_WORDS_SET);
IndexWriterConfig config = new IndexWriterConfig(Version.LUCENE_34, analyzer);
IndexWriter writer = new IndexWriter(dir, config);
Document doc = new Document();
...
writer.addDocument(doc);
Вот еще ссылка:
http://stackoverflow.com/questions/5391840/stemming-english-words-with-lucene