Вы все врете, у меня командный файл:
pyinstaller --onefile --windowed --icon=icon.ico script.py
pause
все упаковалось,
файл cmd лежит в папке со скриптом.
Вам нужно разобраться с тем что называется относительный путь и абсолютный путь, а также понятием текущая рабочая папка программы.