Никак нельзя изменить, FileList доступен только для чтения. Можно только обнулить полностью.
В качестве альтернативы, вы можете отобразить список файлов, сделать какаой-то интерфейс для сортировки, и передать эти отсортированные названия в отдельном поле формы, и затем на сервере это как-то использовать.
Либо прочитать данные из FileList, пересобрать их в FormData как вам нужно, и затем отправить ajax-ом.