многосайтовость удобнее делать так:
папки bitrix и upload выводишь за папку с сайтом (можно оставить и в каком-нибудь одном, но лучше вывести за пределы)
в папках с сайтами создаешь символические ссылки на папки bitrix и upload
теперь в каждой папке можешь создавать свой сайт, а в папке local компоненты и шаблоны под эти сайты.
останется в админке создать сайт и указать шаблон.
если региональные поддомены, то можно поиграться с настройками сервера отправляя все в одну папку, а в битриксе в админке создать региональные сайты, в настройках которых можно указать любое количество шаблонов при определенных условиях.
по количеству шаблонов, возможно надо найти схожесть в них, создать один шаблон основной, а выводя компоненты уже в них подставлять разные шаблоны, т.е. раскидать верстку по компонентам, так будет гораздо удобнее в дальнейшем что-то править.
но иногда условия тз подразумевают создания 2-3 шаблонов на один сайт