Могу предположить, что при авто обмене идет не полная выгрузка, а при нажатии на кнопку полная. В настройках в 1с есть варианты выгружать все или только изменения. Далее, в самом битриксе в настройках обмена (Магазин->Настройки->Интеграция с 1С) есть опция "Что делать с группами, отсутствующими в файле импорта" и там стоит деактивировать разделы.
Евгений, спасибо большое за ответ!
Вы правы, в битриксе стоит - Что делать с группами, отсутствующими в файле импорта - деактивировать, но.... в 1С стоит "полная выгрузка"...
и самое интересное, что по факту ничего не менял, но после выходных раздел выгрузился корректно! в чем проблема была я так и не понял, хотелось бы все-таки разобраться...(
VK-19, ну проблема точно на стороне 1с в такой ситуации. Так как битрикс ведет себя как и должен. Проверьте файлы которые выгружаются при автообмене из 1с, возможно все таки не полная выгрузка идет. Сравните их с выгрузкой при ручном запуске. Ну и давайте в студию информацию о версии 1с и модуле обмена!