Сталкивался с такой проблемой. В моем случае дело было в индексах. Можно попробовать DISABLE KEYS. У меня эта функция почему-то не все индексы отключала.
Если не получится, то можно просто на время снести все ключи, индексы, итп, удалить записи, а потом снова поставить. Но на это время нужно предотвратить запись данных. Я делал так, но, скорее всего, есть более красивый способ.