$pattern = '#<script.*?>.*?</script>#si';
подсвечивает в конце #si, где выводит:
# - top level '#' expression
si - Unresolved variable
Нужно ли что-то исправлять и как, если нужно?
Думаю шторм неверно определяет содержимое строки и пытается "увидеть" там JS.
Если смущает ошибка, можно попробовать заменить ограничители у регулярки: $pattern = '@<script.*?>.*?</script>@si';
По крайней мере, мне помогло.