В простейшем случае примерно так же как и с текстовым файлом.
Кроме того что:
1. Окрывать файл нужно в двоичном режиме (по умолчанию в текстовом)
2. Читать нужно сразу в массив соответствующего типа и размерности (подразумевается, что вы знаете какой тип двоичных данных в файле, а иначе нет смысла его читать). Читать по одному элементу то же не возбраняется.
Если файл записан на машине с одной и той же архитектурой, то при таком подходе проблем не будет.
Если же архитектуры (процессоры) разные, то может вмешаться порядок байт (big/little endian). Это нужно учитывать.
Так же, если вы читаете файл в котором записаны данные разных типов (например какая-то структура), то может возникнуть проблема с выравниванием полей в структуре.
https://stackoverflow.com/questions/4306186/struct...
Думаю, что к вашей текущей задаче эти нюансы не относятся. Но знать, что двоичная чтение/запись это несколько сложнее аналогичных операций с текстом стоит.