Попытался подключить библиотеку для конвертации xml в json
#include <xml2json.hpp>
в filefactory.cpp и xmlfile.cpp? Ну вот она на такое использование не рассчитана. Подключай её в один cpp, а прототипы функций скопируй в отдельный заголовок и подключай его во все остальные cpp где эти функции нужны.