Ну апач он дурак =)
Он биндится на порт, а чего ему дальше делать - сам придумывает.
Виной тому то, что они вынесли Listen из секции виртуалхоста выше. nginx, например, без хотя бы одного server {} он не взлетит, т.к. listen можно указывать только внутри server {} (а если не указать, то он он просто будет считать, что там написано listen 80).
/var/www - это специфика вашего дистрибутива linux. Оно в исходниках апача переопределяется при сборке:
./httpd.spec:1:%define contentdir /var/www
anonscm.debian.org/gitweb/?p=pkg-apache/apache2.gi...