Я бы поставил ESXi на флешку, с которой он будет грузиться, сами системы (Windows и систему для NAS на SSD), виртуальные диски для хранения информации на HDD. Но как уже написали выше, оптимально будет ставить непосредственно на SSD Windows, а в ней на Hyper-V уже NAS. Опять же, всё зависит и от объёма оперативной памяти, так как сам ESXi съедает около 2 ГБ. Для варианта с ним необходимо от 8 ГБ ОЗУ.