Если известно кол-во "строк", то можно так
a = [input().split() for _ in range(3)]
Обычным input() не получится вводить несколько строк, т.к. Enter закончит ввод.
Если все же нужно вводить таким образом неограниченное кол-во строк, можно использовать sys.stdin, но заканчивать ввод нужно будет через Ctrl-Z/Ctlr-D.
import sys
lines = [s.split() for s in sys.stdin.read().splitlines()]