Потому что у вас не задан альяс колонки для подзапроса
(SELECT DISTINCT(Name) AS storekeeperName FROM User, Waybill WHERE (Waybill.loginStorekeeper = User.login))
укажите альяс через AS
например:
SELECT
Waybill.Id, Waybill.IMO, Vessel.Name, Waybill.loginManager, User.Name, Waybill.loginStorekeeper,
(SELECT DISTINCT(Name) AS storekeeperName FROM User, Waybill WHERE (Waybill.loginStorekeeper = User.login)) AS storekeeperName,
Waybill.Date
FROM Waybill, Vessel, User
WHERE (Waybill.IMO = Vessel.IMO)
AND (Waybill.loginManager = User.Login)
AND (Waybill.loginManager = User.Login)
ORDER BY Waybill.Id
PS: скобки в условии не обязательны и без них сначала выполняется оператор = а затем AND