У меня тоже такое было, люблю PA, но так и не решил проблему пришлось перенести проект на Digital Ocean, я так и не понял в чем беда, хотя перепробывал много вариантов, единственное, что могу подсказать это поставить заглушку ( пока ищешь в чем проблема) в виде логирования id запроса на сервер и проверки был ли такой запрос ранее, мне приходили по два запроса от одного пользователя (причем только в некоторых случаях пользования ботом), соотвественно один я обрабатывал, записывал в лог файл, а второй убивал
