С lvm можно только увеличивать на лету, уменьшать нельзя, нужно отмонтировать.
Если ОЗУ позволяет иметь свободные ~1G, можно поставить систему с lvm и ssh в tmpfs, chroot'ся в неё, запустить ssh, подключится через него, программно передёрнуть диск, определить vg и уменьшить нужный lv. Потом принудительный reboot через sysrq и всё должно быть ок.
А ну да, перед началом работы нужно все программы, пишущие на диск остановить, и сделать sunc
Есть ещё вариант с pivot_root, но по нему помочь не смогу, не доводилось использовать.