Вы хотите не просто запустить программу, но и имитировать действия пользователя в ней. Это не так просто, если у программы нет соответствующего API, вам остается только питоном эмулировать действия пользователя управляя мышкой и клавиатурой из python. Такие библиотеки на питоне есть, мой коллега успешно юзал, написав кликер на питоне.