Отдельные файлы валидировать это жесть, конечно. Что мешает использовать наследование? Не знаю, что у тебя за язык серверной разметки там, но, скажем, jinja\smarty\php голяком имеют возможность наследования шаблонов. Это позволяет не открывать в одном файле тег, а закрывать в другом.