По сути нужно применить фильтр к канвасу, который там спрятан среди элементов карты. Так что если взять разметку вроде:
<div class='my-super-map'>
<script type="text/javascript" charset="utf-8" async src="https://api-maps.yandex.ru/services/constructor/1.0/js/?um=constructor%3A07be0313631167b7c9034cf92574b147daa12b122f3d938bc90aa67df29c81ac&width=600&height=449&lang=ru_RU&scroll=true"></script>
</div>
то останется только добавить:
.my-super-map canvas {
filter: invert(100%);
}
Не то, чтобы это было красивым решением, но оно работает.