Звук с микрофона идёт туда, где всё смешивается и выходит на динамики. А скайп берёт звук не напрямую с микрофона, а как раз из этого места, где всё смешивается.
Дурацкий ответ с плохой терминологией, но я верю что вы поймёте. Вы ещё при этом должны слышать звуковые уведомления других приложений.