Вопрос поставлен некорректно: js управляет только доступными параметрами визуализации.
А вот технологий визуализации - много: html, svg, css, canvas и т.д.
Если что-то не работает или работает не так, как ожидается - разделяйте контейнеры, используйте контейнеры-прослойки (wrappers,враперы), используйте вертикальное наложение (z-index).
В крайних случаях, в css, используйте !important.