Заменить стандартный поиск на свой. Потому что стандартный - он на то и стандартный, что использует стандартный инструментарий - WP_Query и поиск по таблице wp_posts, с возможностью докинуть туда параметры по wp_postmeta и таксономиям. Хотите чтобы искало по вашим таблицам - формируйте свой поисковый запрос. Начать можете отсюда и отсюда.
