когда включаете бота, обнулите очередь сообщений
p.s. Но, я думаю, что это не правильно, по хорошему надо переписать логику бота, что бы он сам понимал, что дважды один и тот же запрос выполнять не надо ( не знаю, что у вас за бот и что он делает, конкретно сами придумайте ограничения на вывод ответов на много запросов)