выводит неправильно. Показывает значение 1 а их там намного больше должно быть. Вывожу так $result=mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `".prefix."themes` WHERE `login`='".$_USER['id']."'");
когда я вставляю ваш запрос у меня вообще выдает Parse error: syntax error, unexpected 'COUNT' (T_STRING) in C:\servermoi\OSPanel\domains\miserv12\enter.php on line 1209
поэтому я его изменяю на
$result=mysql_query("SELECT COUNT(*) FROM `".prefix."themes` WHERE `login`='masterwen'");
$my1=mysql_num_rows($result);
Еще раз, как итог. Данный запрос подсчитывал кол-во строк и сразу выводил результат ОДНОЙ строкой. А вы пытались подсчитать кол-во строк в результате (там одна строка со значением результата 64). Функция mysql_num_rows считает количество строк, поэтому вам надо убрать count и получить все строки по этому запросу, а далее mysql_num_rows уже посчитает, сколько их