Т.к. вложенный список, то и условие нужно применять как для вложенного:
data = ['aff kkfk, asdfler UUk.', 'sentence two.']
new_data = [[w for w in re.split('[^a-z]+', words) if w] for words in data]
# [['aff', 'kkfk', 'asdfler', 'k'], ['sentence', 'two']]