express-ws предлагает нам использовать несколько вебсокет соединений и использовать роутер от экспресса для маршрутизации сообщений приходящих по этим нескольким соединениям.
ws предполагает что вы создаете один сервер, по нему приходят сообщения и там вы уже их разруливаете.
По факту разница не так уж велика, просто объявление сокет сервера немного отличается своим видом.
Оба пакета можно использовать без express.
express-ws внутри использует ws
А еще стоит обратить внимание на количество issues у этих пакетов.
Итого: если у вас несколько разных вебсокет соединений - можете взять express-ws, если одно соединение - в этой обертке смысла нет. Но вообще в целом мало что изменится.