Я думаю что не стоит отбрасывать вариант с хранением конфига в базе данных - можно запилить админ-страницу, не выводить туда данные, которые может сломать заказчик, по вставке или обновлению параметров генерить свежий файл конфига, т.е. запросы к базе будут только на этапе работы в админке, а так приложение как читало из файла, так и будет читать дальше