Так ведь codesniffer можно запускать из консоли, достаточно в том же шторме открыть консоль докера и выполнить команду. Добавляешь в настройках шторма докер:
Появляется вкладка services, там можно по нужному контейнеру жмякнуть правой клавишей мыши: Exec - Create - /bin/bash и откроется консоль в докере:
