Это можно сделать при выполнении программы -
user_name = os.getlogin()
pythoncom.CoInitialize()
desktop = r'C:/Users/' + user_name + '/Desktop'
path = os.path.join(desktop, 'AppName.lnk')
target = path_to_file
shell = win32com.client.Dispatch("WScript.Shell")
shortcut = shell.CreateShortCut(path)
shortcut.Targetpath = target
shortcut.WindowStyle = 1 # 7 - Minimized, 3 - Maximized, 1 - Normal
shortcut.save()
Вставляете этот код в начало программы (но не забудьте заполнить `AppName.lnk` и `path_to_file`)