Создаёте в ispmanager www-домен, идете в директорию сайта, которую она создала, создаете там вирт. окружение питона и ставите в него джангу. Потом руками правите конфиг nginx, чтобы он проксировал в ваше приложение, там к примеру в uwsgi, и чатрите конфиг нжинкса, чтобы панель его не переписывала) потому что она не особо любит работать с измененными конфигами)
То есть все тоже самое, что и без панели, ток с небольшой оглядкой на панель, так как из коробки панель это не поддерживает.
