как же не написал? в примере явно указано, каким образом формируется ссылка на css файл:
$input."?".md5_file($file_path);
на выходе вы получите строку такого вида:
<link href="/css/style.css?324235423" rel="stylesheet">
Значение после ? будет изменяться при каждом обновлении исходного файла, браузер будет считать, что это обращение к новому имени файла и вуаля - запросит его с сайта заново. Очень распространенное решение.