Стоит уточнить, как вы отправляете данные на стороне js. В форме или просто как бинарные?
1) Если файл отправляется в форме, то он будет доступен в массиве $_FILES.
2) Если данные файла отправляются в теле POST запроса. То их можно получить из потока php://input. И работать уже как с бинарными данными.
Например так:
stream_copy_to_stream(
fopen('php://input', 'r'),
fopen($saveFilePath, 'w')
);