a с заполненным href) стоит какой-либо обработчик js на событие click. Те ссылка и нажатия скорее всего эмулируются через стандартное событие click, при этом не учитывая что бывает клик средней кнопкой. Поэтому браузер не считает элемент активной ссылкой и средняя кнопка работает на своё заданной поведение по умолчанию(обычно это включение скролла мышкой).