В указанном Вами источнике конкретно приведенная цитата говорит о выпадении
margin внутренних блоков за границу родительских и способ предотвращения этого.
Неверная документация, которую я читаю?
Документация верная
Или я что-то не так делаю?
Вы просто неправильно поняли контекст.
Хорошей практикой является задавать margin только в одну сторону (например, вниз).
Также избежать схлопывания соседних по вертикали блоков можно, задав для родителя
display: flex;. Схлопывание не происходит во Flex-контейнерах.
Чтобы больше узнать, можете почитать
мой перевод статьи про Margin от Рейчел Эндрю
