foreach ($arSubject as $items_predmet => $value) {
В нем имеется значение
$course = $value[0]; и $course = $value[1];
Дак вот, подскажите, пожалуйста, как то можно сделать что бы в этом массиве по умолчанию после каждой перезагрузки страницы работал только 1-о значение, либо $course = $value[0]; либо $course = $value[1]; ?
$course содержит только одно значение, т.к. вы используете оператор присвоения, а не добавления к нему второго значения. Стало быть $course = $value[0] принял одно значение, а $course = $value[1] изменил его на другое значение