Похоже есть временное решение. У меня сработало. Нужно в профиле Opera исправить файл Preferences, удалить содержимое команды в {} (ищется по Ctrl+Shift+...), либо выставить параметр global в false (в этом случае сочетания не будут работать только в самой Опере). По умолчанию у меня профиль здесь: C:\Users\user_name\AppData\Roaming\Opera Software\Opera Stable
Win 1809 build 17763.737
Такая же проблема и в 63.0.3368.88 - Ctrl+Shift+Home и Ctrl+Shift+End не работают ни в одном окне/редакторе на локальной машине (то есть, например, в окнах rdp сессии, открытой с этой машины - работают).
Решения не нашел, кроме закрытия Оперы, отключение расширений так же не помогло.
Оформил баг в Оперу ID: DNAWIZ-71921.